Premier maître-autel

On sait peu de chose sur lui. Situé dans le chœur, il a été consacré à saint Nicolas de Myre et on y a célébré chaque jour la messe de prime, selon la liste d'autels de 1552. Le premier maître-autel a été réalisé entre 1584 et 1585 par les frères Dargent de Besançon. Le projet est conservé dans les archives du chapitre et le panneau central représente saint Nicolas. Il a été remplacé en 1740 par un grand maître-autel roccoco de Joseph-Anton Feuchtmayer et comporte une grande statue de l'Immaculée Conception et, sur les côtés, deux autres grandes statues.

Il a été remplacé en 1876 par une œuvre néogothique de la maison Müller, à Wil. Dans l'axe vertical figure un gisant du Christ (table d'autel), le tabernacle et la niche abritant la croix ou le Saint-Sacrement lorsqu'il est exposé. Dans l'axe horizontal, l'Annonciation et le Mariage de la Vierge Marie sont surmontées des statues des saintes Barbe et Catherine ; le couronnement de la Vierge Marie par la Sainte-Trinité, au-dessus de la partie centrale, a été supprimée en 1926 pour faire place aux vitraux de Józef Mehoffer.

Autel principal - devant les grilles du chœur

Il a été dédié à saint Martin. Il a été orné depuis 1767 d'une grande statue en argent, malheureusement fondue en 1798. En 1945, l'autel a été surmonté de la statue baroque de Notre-Dame-des-Victoires de Pancrace Reyff. A la suite de la réforme liturgique entreprise par le concile Vatican II, plusieurs aménagements se sont succédés jusqu'à la construction du podium actuel en calcaire du Jura en 1981. La même année, Georges Schneider, artiste d'origine jurassienne établi à Paris, réalise l'autel et l'ambon. Le siège épiscopal (cathèdre), les deux sièges latéraux et le chandelier du cierge pascal ont été achevés en 1983 et les armoiries du diocèse, contre la grille, en 1987.